Zoals ook bij de Sint-Janskerk het geval was, berustte het archief van de Sint-Niklaaskerk gedeeltelijk ten huizen van de mombers of rentmeesters en gedeeltelijk in een archiefkoffer in de kerk zelf.
Op 15 december 1743 overhandigde de weduwe van Jan van der Meer uit huis De Haan enkele registers en het resolutiënboek terug.
Ten huize van stadssecretaris Arnold Schaetzen bevonden zich de liggers van 1415, de resolutiën vanaf 1588, het akten boek van 1711, een register met opgave van restanten van 1736, vijfendertig losse akten uit de jaren 1495-1739 (afschriften op papier) alsook een pak rekwesten en brieven. Op 26 november 1739 leverde hij deze documenten af aan koster Jan Lenaerts, vergezeld van een door hem opgestelde inventaris.
Dezelfde Arnold Schaetzen maakte een index op de volgende registers : de resolutiën van 1588-1671 en 1700-1764 en van het aktenboek van 1711 dat afschriften bevatte vanaf 1493 (inventaris nr. 1).
De Sint-Niklaaskerk ging voor een spaarzaam gedoteerde instelling door en bijgevolg is het archief ook tamelijk gering gebleven. Hetzelfde gold voor de beneficies en het broederschap dat er gevestigd was.

De inventaris die werd opgesteld door wijlen stadsarchivaris Henry Baillien in 1965 werd met enkele aanwinsten uitgebreid waaronder enkele 16e-17e eeuwse inkomstenregisters van de momber van de kerk.