Net zoals het archief van het Armbestuur, werd dat van de Godshuizencommissie ten dele in 1953 door het C.O.O. op het stadsarchief gedeponeerd. Het betrof voornamelijk de stukken ouder dan 1836. Vervolgens werden in 1967 de stukken betreffende de periode 1837-1925 gedeponeerd.
In de zomer van 1977 ging wijlen stadsarchivaris Henry Baillien over tot de definitieve klassering van het fonds van de Godshuizen. Tenslotte bekwam hij datzelfde jaar nog enkele tientallen stukken uit de periode 1837-1925 die nadien moesten toegevoegd worden.
De klassering gaf geen technische moeilijkheden. Over de jaarrekeningen en de bijlagen is geen uitleg nodig. Deze stukken moesten bij Koninklijk Besluit van 1 maart 1817 ter goedkeuring overgemaakt worden aan de stad die ze in het stadhuis bewaarde. Deze stukken werden bijgevolg ook in dit fonds geïntegreerd.