De rector van de kerk werd aangesteld door de heer, maar na goedkeuring van de pastoor van Berg en de kanunniken van het kapittel van Tongeren, de begevers van de moederkerk Berg. Prins-bisschop Jan van Horne (+ 1369) verleende aan de pastoor van Elderen het recht te dopen en de laatste sacramenten toe te dienen. Om het verlies voor de pastoor van Berg te vergoeden diende de pastoor van ’s-Herenelderen hem voortaan jaarlijks twee mud rogge te geven en per bediening 1 aldegroot. De tienden werden echter niet van die van Berg gescheiden maar bleven toebehoren aan het kapittel van Tongeren.
De huidige laat-gotische kerk, toegewijd aan Sint-Stefanus, is volledig opgetrokken uit mergel met een gedeeltelijk ingebouwde westertoren. Ze werd ca. 1450 gebouwd door de toenmalige heer van Elderen. De laatste van de vele restauraties die in de loop der eeuwen aan het gebouw werden uitgevoerd dateren van 1899-1900 onder leiding van architect Lohest. De kerk werd toen vergroot met twee zijbeuken. De vijf vroeg-renaissance glasramen werden geplaatst in 1539-1540 door gravin Maria Margaretha van Hamal ter nagedachtenis aan haar echtgenoot Willem de Croy. Ze staan trouwens beiden op die glasramen afgebeeld. Het zeer mooie Antwerps retabel in vergulde eik beeldt het leven van Christus uit. De kerk bezit ook een 15de-eeuws triomfkruis en niet te vergeten een belangrijke reeks grafstenen van de vroegere heren van ’s-Herenelderen van de 13de tot de 18de eeuw.